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最小化RT-PCR检测和SARS-COV-2 RNA的定量误差进行废水监测

版本1:收到:4月2021年4月17日/批准:4月19日/在线:1921年4月19日(13:08:13 Cest)

如何引用:艾哈迈德·w·;辛普森,美国;伯奇,p;毕比,k;Bivins, a;Blackall l;Bofill-Mas,美国;博世,a;巴,j .;崔,p; Ciesielski, M.; Donner, E.; D'Souza, N.; Farnleitner, A.; Gerrity, D.; Gonzalez, R.; Griffith, J.; Gyawali, P.; Haas, C.; Hamilton, K.; Hapuarachchi, C.; Harwood, V.; Haque, R.; Jackson, G.; Khan, S.; Khan, W.; Kitajima, M.; Korajkic, A.; La Rosa, G.; Layton, B.; Lipp, E.; McLellan, S.; McMinn, B.; Medema, G.; Metcalfe, S.; Meijer, W.; Mueller, J.; Murphy, H.; Naughton, C.; Noble, R.; Payyappat, S.; Petterson, S.; Pitkanen, T.; Rajal, V.; Reyneke, B.; Roman, F.; Rose, J.; Rusinol, M.; Sadowsky, M.; Sala-Comorera, L.; Setoh, Y.X.; Sherchan, S.; Sirikanchana, K.; Smith, W.; Steele, J.; Sabburg, R.; Symonds, E.; Thai, P.; Thomas, K.; Tynan, J.; Toze, S.; Thompson, J.; Whiteley, A.; Wong, J.; Sano, D.; Wuertz, S.; Xagoraraki, I.; Zhang, Q.; Zimmer-Faust, A.; Shanks, O. Minimizing Errors in RT-PCR Detection and Quantification of SARS-CoV-2 RNA for Wastewater Surveillance.预印迹2021,2021040481(DOI:10.20944 / PREPRINPS202104.0481.v1)。艾哈迈德·w·;辛普森,美国;伯奇,p;毕比,k;Bivins, a;Blackall l;Bofill-Mas,美国;博世,a;巴,j .;崔,p; Ciesielski, M.; Donner, E.; D'Souza, N.; Farnleitner, A.; Gerrity, D.; Gonzalez, R.; Griffith, J.; Gyawali, P.; Haas, C.; Hamilton, K.; Hapuarachchi, C.; Harwood, V.; Haque, R.; Jackson, G.; Khan, S.; Khan, W.; Kitajima, M.; Korajkic, A.; La Rosa, G.; Layton, B.; Lipp, E.; McLellan, S.; McMinn, B.; Medema, G.; Metcalfe, S.; Meijer, W.; Mueller, J.; Murphy, H.; Naughton, C.; Noble, R.; Payyappat, S.; Petterson, S.; Pitkanen, T.; Rajal, V.; Reyneke, B.; Roman, F.; Rose, J.; Rusinol, M.; Sadowsky, M.; Sala-Comorera, L.; Setoh, Y.X.; Sherchan, S.; Sirikanchana, K.; Smith, W.; Steele, J.; Sabburg, R.; Symonds, E.; Thai, P.; Thomas, K.; Tynan, J.; Toze, S.; Thompson, J.; Whiteley, A.; Wong, J.; Sano, D.; Wuertz, S.; Xagoraraki, I.; Zhang, Q.; Zimmer-Faust, A.; Shanks, O. Minimizing Errors in RT-PCR Detection and Quantification of SARS-CoV-2 RNA for Wastewater Surveillance. Preprints 2021, 2021040481 (doi: 10.20944/preprints202104.0481.v1).

抽象的

使用逆转录 - 聚合酶链反应(RT-PCR)的病原体的废水监测是一种有效的资源有效的工具,用于收集额外的社区级公共卫生信息,包括冠状病毒疾病-19的发病率和/或患病率和趋势和趋势(新型冠状病毒肺炎(COVID-19):新冠肺炎(COVID-19):COVID-19)。SARS-COV-2在废水中的监测可以在社区中提供Covid-19感染的预警信号。世界环境微生物学和病毒学实验室对废水中的SARS-COV-2 RNA表征的能力迅速增加。但是,对于SARS-COV-2废水监测,没有标准化的协议也没有统一的质量保证和质量控制(QA / QC)程序。本文是对因素的技术审查,可以导致SARS-COV-2监测中的假冒误差,最终能够实施以确定和减轻这些错误的建议和战略。建议包括,严格的QA / QC措施,代表性采样方法,有效病毒浓度和有效的RNA提取,扩增抑制评估,包括样品处理控制的含量,以及RT-PCR测定选择和数据解释的考虑。清除数据解释指南(例如,阳性和阴性样品的测定)是至关重要的,特别是在废水中的SARS-COV-2的低发生率期间。必须在不确定和/或潜在的显着结果(例如,在社区中的Covid-19的初始发作或急诊)到位纠正和确认行动。执行实验室间比较也将是谨慎的,以确保结果是可靠和可解释的持续和回顾性分析。本综述建议的策略旨在提高废水监测应用的SARS-COV-2表征。 A silver lining of the COVID-19 pandemic is that the efficacy of wastewater surveillance was demonstrated during this global crisis. In the future, wastewater will play an important role in the surveillance of a range of other communicable diseases.

主题领域

新冠肺炎;SARS-CoV-2;废水;监视;假阳性;假阴性;RT-PCR.

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