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评估呼吸病毒传播因果关系的分层框架

版本1:收到:4月22日2021年4月22日/批准:4月23日2021 / Online:23 4月2021(11:59:58 Cest)

如何引用:杰佛逊、t;Heneghan c;斯宾塞,大肠;Brassey, j .;Pluddeman, a;Onakpoya i;埃文斯,d;Conly,J.评估呼吸病毒传播因果关系的分层框架预印迹2021.,2021040633(DOI:10.20944 / PREPRINPS202104.0633.v1)。杰佛逊、t;Heneghan c;斯宾塞,大肠;Brassey, j .;Pluddeman, a;Onakpoya i;埃文斯,d;呼吸道病毒传播因果关系评估的层次框架。预印本2021,2021040633 (doi: 10.20944/preprints202104.0633.v1)。

抽象的

我们根据我们的经验提出了一个分层框架,通过我们系统地审查和综合378个初级研究,以获取基于证据的基于循证方式的SARS-COV-2的变速模式。这些研究揭示了在设计,进行,测试和报告中缺乏标准化的显着方法论缺点,SARS-COV-2传输。虽然这种情况是在大流行的一开始就是可能的,但是对于评估病毒呼吸道原因的这种和未来的淫乱,需要评估该病毒传播的证据规则。我们审查了与微生物病因相关的因果关系评估的历史,重点关注呼吸道病毒,并提出了一系列证据,以将临床,流行病学,分子和实验室视角整合到传播中。如果适用于未来的研究,等级制度应该缩小对因果关系的双胞胎概念的不确定性和人类呼吸病毒的传播。我们试图解决当前研究证据与呼吸病毒传播中因果关系之间的平移差距,重点在SARS-COV-2上。与我们提出的框架一起进行的实验,一致性和独立复制提供了一系列证据,可以减少对呼吸病毒传播的不确定性,并提高特定传输模式的置信水平和应采取的措施,以防止传输

主题领域

病毒传播;因果关系;证据层次;SARS-CoV-2;呼吸道病原体

评论(4)

评论1
已收到:2021年4月27日
评论者:Pieter桃子
评论者已宣布没有利益冲突。
备注:“要记录第二个人是如何被感染的,需要有证据表明他们暴露在自己的环境(途径)中,并且来源被传染性物质(可培养病毒)充分污染(低Ct),从而将感染传播给另一个人。
所有这些证据的可用性为基因组学时代的传播提供了高标准的证据。”

在基因组学时,不需要对源极充分污染的要求是不必要的。所需要的是证据表明,该来源携带病毒,第二个人现在带有足够的序列匹配的病毒,并且环境条件充分排除了特定的传播路线。

上面的一个例子是澳大利亚几个州的酒店隔离区内发生的多起传播事件,其中酒店客人感染了SARS-CoV-2,通过基因组分析,与相邻房间的客人相匹配。这是在通过密切观察、缺乏任何事先接触机会而排除了污染物、直接飞沫或口粪传播的可能性的情况下发生的,只能通过传染病毒粒子通过间接途径传染给受感染者来解释。

在从来源采集的特定样本中证明低病毒载量和非可培养病毒并不排除从该来源传播的可能性,如相对于传播点的患病时间、样本的解剖位置等因素,或者样品的质量可能影响测量的病毒载量和培养病毒的能力。对特定样本要求高拷贝数和可培养病毒并不会增加基因组分析已经提供的额外确定性。
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回复1评论1
已收到:10月20日10日
评论者:汤姆杰斐逊
评论者的利益冲突:我是本文的第一个作者。查看完整披露的文本
备注:谢谢你的洞察力评论。病毒培养和基因组测序(GS)的作用是复杂的,并取决于所要求的问题和流行病学背景。

如果我们正在测试传输链的完整性,那么GS应该足以缩小人员传输的不确定性。

然而,如果我们是在测试是否存在传染性因子,那么活培养是必不可少的,因为完整或一致的基因组并不一定是可复制性的证明,它们的预测能力取决于装配方法。Campbell等人讨论了测序的一些局限性(参考文献)。

无论其角色如何,我们都需要复制研究结果。


参考
Campbell F,Strang C,Ferguson N,Cori A,Jombart T(2018)是出于传输事件的病原体基因组序列?Plos Pathog 14(2):E1006885。https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006885
评论2.
已收到:2021年4月29日
评论者:沉肠损害
评论者已宣布没有利益冲突。
备注:本文提出了一种确定疾病传播途径的方法。它不试图评价该方法是否适合目的。

我建议将该方法应用于几种众所周知的疾病,以确定它是否与已知的内容同意。该方法是否不正确地包括或排除众所周知的疾病的传输路线?

我还建议将方法应用于假设的未来疾病,以评估该方法是否适合于在时间压力下使用,例如,在大流行。这种方法是否需要至少几个月或多年来正确识别疾病的所有传输路线?如果是这样,那么可能对较旧的疾病而不是紧急疾病是有用的。

它如何提议替代这些假设疾病的票价以及这种情况如何改善它们?

如果没有对新方法进行任何关键评估,它将应用于SARS-COV-2似乎早熟。
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响应1评论2
已收到:5月20日12月12日
评论者: 汤姆杰斐逊
评论者已宣布没有利益冲突。
备注:谢谢你的洞察力评论。我们同意,如果需要,应在实践中应用该方法并根据需要修改。

我们目前正在做的那样。请参阅:从前无症状案例中有关Covid-19传输动态的证据:系统审查的协议。汤姆杰斐逊,安妮斯·斯宾塞,伊丽莎白斯宾塞,乔恩布拉西斯,塞西莉亚罗斯卡,Igho Onakpoya,Carl Heneghan,David Evans,Johnly
medRxiv 2021.05.06.21256615;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.06.21256615

我们希望重申,目前没有标准认可的方法来测试呼吸病毒的传播假设,如果证据水平适用于其他群体的各种药剂,则会很高兴。

我们鼓励广泛的读者评论和反馈。看评论的标准和我们的多样性陈述。

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